Wird das Gefäß geöffnet, so werden über die Wasseroberfläche mit dem Staub aus der Luft anorganische und organische Nährstoffe sowie Bakterien und Sporen eingetragen. In dem Wasser vermehrt sich Leben und das Wasser kann im Extremfalle sogar trüb werden oder veralgen.

Für einen Gartenteich mit offener Wasseroberfläche, mineralischem Bodensubstrat und jeder Menge organischem Material wie Pflanzen und Tieren, sind also von Haus aus die besten Bedingungen für ein Eintrüben oder Veralgen des Wassers bereits vorgegeben, vor allem, wenn das Wasser durch die Exkremente von Fischen zusätzlich eutrophiert wird. Es kommt dann darauf an, Algen und Trübungen über einen begrenzten Zeitraum mit technischen Einrichtungen soweit in Grenzen zu halten, dass sie nicht als Störung  empfunden werden. 

In jedem natürlichen Kleingewässer, aber auch in naturnahen Gartenteichen werden Wasserreintrübungen und Massenvermehrung von Algen immer durch das ökologische Gleichgewicht so lange verhindert, wie dieses Gleichgewicht nicht gestört wird.

Trotzdem können sich in einem natürlichen Kleingewässer oder einem richtig eingerichteten naturnahen Gartenteich ausnahmsweise zeitweise Trübungen einstellen.
Sie können folgende Ursachen haben:
 

Das Wasser ist hellbräunlich, milchig, grau oder gelb getrübt bei einem neu eingerichteten Teich.
Hellbraune Trübungen entstehen meistens durch das Herauslösen von Farbstoffen aus organischen Überresten (z.B. Torf oder Laubreste) im Substrat.

Milchiggraue und gelbeTrübungen werden von mikroskopisch kleinen Partikeln verursacht, die aus lehmhaltigem Substrat im Wasser aufgeschwemmt werden.
Das Bodensubstrat sollte vorzugsweise aus Magersand bestehen.
Magersand ist mehr oder weniger gut gewaschener (Quarz-) Sand, wie er bei der Herstellung von Maurerputz oder aber auch als Ausgangsmaterial für die Einrichtung von Aquarien verwendet wird und oft Lehmreste enthält.

Lehm ist ein Gemisch aus Ton, Schluff und Sand mit unterschiedlichen Partikelgrößen.

Schluff  hat eine Partikelgröße von 2 µm  bis 63 µm

Sand  hat eine Partikelgröße von 63 µm bis 2 mm

Staub, Exkremente von Tieren, abgestorbene Pflanzen, Tiere und Mikroorganismen, kurz alle Schwebepartikel werden als Detritus bezeichnet, der langsam zu Boden sinkt und eine Mulmschicht bildet. In dieser Mulmschicht ist reichlich lebende Nahrung in allen Größenordnungen enthalten. Sie wird deshalb von vielen Insekten- und Amphibienlarven als ständiger Aufenthalt genutzt. Adulte Amphibien überwintern gern in dicken Mulmschichten.

Wird eine solche Mulmschicht aufgewirbelt, so trüben die feinen Partikel das Wasser.
In Schwimmteichen, in denen eine solche Wassertrübung selbstverständlich äußerst unerwünscht ist, aber auch in Zierfischteichen, in denen die Detritrusbildung durch die Ausscheidungen der Fische besonders stark ist, versucht man das Wasser durch den Einsatz von Partikelfiltern wieder zu klären.

In naturnahen Gartenteichen ist es meistens erst nach etlichen Jahren erforderlich, eine zu dick gewordene Mulmschicht teilweise zu entfernen. (s. Pflege nach einigen Jahren)
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Hier handelt es sich anfangs um Bakterien, die organische Materie aufarbeiten.
Ein toter Frosch, ein Vogel eine Maus, oder ein anderes Tier, in selteneren Fällen aber auch eine abgestorbene größere Wasserpflanze lösen die Massenentwicklung von Saprophyten  aus.

Auch mit einer guten Lupe können bei Betrachtung einer Wasserprobe keine, die Trübung des Wassers verursachenden Organismen erkannt werden, da einzelne Bakterien mikroskopisch klein sind.

Das Überangebot an Nahrung in Form von Bakterien fördert die Massenvermehrung von Ein- und Mehrzellern, die sich von diesen Bakterien ernähren, wie z.B. Goldalgen, Zooflagellaten, Amöben, Wimpertiere oder vielzellige Rädertiere.

Nach wenigen Tagen kann man oft farblich leicht veränderte Wolken von  Flagellaten beobachten. Einzelne dieser Organismen sind mit einer guten Lupe kaum zu erkennen, denn die meisten haben nur Größen von weniger als 50 µm.

Wird die Tierleiche rechtzeitig entdeckt und entfernt, lösen sich die Wolken schnell wieder auf.

Wenn dieser Prozess in einem gut bepflanzten, sauerstoffreichen Gewässer stattfindet, haben die Bakterien nach wenigen Tagen den toten Organismus zersetzt. Nachdem die Bakterienfresser (vielleicht auch Bakteriophagen) die Bakterien aufgefressen haben, ist der Prozess abgeschlossen und das Gewässer hat keinen dauerhaften Schaden genommen.

Wenn die Tierleiche im Verhältnis zum Gewässer aber sehr groß ist, z.B. eine tote Katze in einem Teich mit weniger als 3000 l Wasser, dann kann es zu ernsthaften Problemen bis zum Umkippen des Gewässers kommen.
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Eine Trübung des Wassers durch Massenvermehrung von Schwebealgen (Wasserblüte) ist in eingefahrenen naturnahen Gartenteichen die Ausnahme und dauert dann meistens auch nur wenige Tage. 
Da sie von verschiedenen Algen hervorgerufen werden kann, kann das Wasser auch unterschiedliche Färbungen annehmen von dunkelgrün über hellgrün, gelb und manchmal sogar bis rot. Im letzteren Falle handelt es sich oft um die fantastisch aussehende Blutregenalge Haematococcus pluvialis, die allerdings öfter in Regentonnen und Weihwasserbecken zu beobachten ist als in naturnahen Gartenteichen. 

Rote Wassertrübung in einem stark eutrophierten Zierfischteich kann von der Burgunderblutalge, Planktothrix rubescens verursacht worden sein und ist sehr bedenklich, da diese Algen toxische Eiweißprodukte enthalten, die für die Fische tödlich sein können.