Ganz anders stellt es sich aber dar, wenn man vom Aspekt der Bedeutung für die Natur her betrachtet. Ihre Funktionen sind für die Biozönosen und das nicht nur aquatischer Biotope, unerläßlich. Einerseits sind sie wichtige Glieder in der Nahrungskette, andererseits wiederum greifen sie gravierend in die chemischen und physikalischen Gegebenheiten der Gewässer ein.

Sie haben daneben aber auch eine praktische Bedeutung als Versuchsobjekte auf vielen Gebieten der biologischen Grundlagenforschung.

Ganz wichtig sind sie aber als Bioindikatoren bei der Wassergütebeurteilung. Der überwiegende Teil der Algen ist gegenüber ihren Milieuansprüchen nämlich außerordentlich differenziert und sensibel und stellen hiermit ganz außerordentlich genaue Gradienten für die Qualität der Gewässer und deren chemischen und physikalischen Parametern dar. 
Die Untersuchung der Algenvegetation eines Gewässers liefert Werte, die auf  Langzeitwirkung beruhen, während chemische Untersuchungen letztlich nur den Momentanzustand widerspiegeln. 
Aus den Algenlisten kann der Fachmann mit ziemlicher Genauigkeit herauslesen von welcher Kathegorie von Gewässern sie erstellt wurden. So kann man ganz eindeutig daraus ableiten, ob es sich dabei um ein Fließgewässer, einen Teich, einen See oder eine Moorschlenke handelt. 
Gerade bei Moorgewässern fallen die feinen Niancen der Milieubedingungen ganz besonders auf. Moore allgemein sind nämlich die speziellen Biotope der Zieralgen (Desmidiaceen). 
Das Vorkommen ganz spezieller Populationen hängt überwiegend vom pH-Wert des untersuchten Moorgewässers ab. So weisen etwa stark saure Moorschlenken, deren Erscheinungsbild in der Regel durch dichten Torfmoosbewuchs gekennzeichnet ist, eine wesentlich andere Zieralgenflora auf, als etwa mäßig oder schwach saure. Dabei gilt die Faustregel: Saures Milieu ist ein Extremstandort, darin zu gedeihen ist nur relativ wenigen Spezialisten vorbehalten und Proben aus solchen sind daher artenarm, dafür aber individuenreich. Proben aus mäßig sauren Standorten sind hingenen artenreich, die Zahl der Individuen, bezogen auf die einzelnen Arten, ist hingegen bedeutend kleiner. 

Bei Mooren, die mehr oder minder anthropogenen Einflüßen ausgesetzt sind oder waren, ist ein ganz eklatanter Artenschwund in der Algenflora nicht zu übersehen und es überwiegen dann weitgehend die Ubiquisten, Arten also, die eine sehr große Toleranzbreite bezüglich ihrer Umweltansprüche aufweisen. Selbst wenn makroskopisch eine solche Beeinflußung anhand höherer Pflanzen zunächst kaum erkennbar ist, gibt uns die Algenflora untrüglichen Aufschluß darüber. Beispiele dafür könnte ich zur Genüge anführen. So gibt uns die Untersuchung der Algenflora reichhaltigen Aufschluß über die verschiedensten Zustände ihres Lebensraumes und der darin herrschenden Lebensbedingungen und findet in der Praxis auch allgemein Anwendung.

Ein ganz anderer und vielleicht gar etwas befremdender Aspekt ist, daß Algen auch schön sind.

Dies trifft für alle Algenstämme zu, ganz besonders aber für die Kieselalgen und die Zieralgen.
 

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